Filipina dan Indonesia secara rasminya bersetuju untuk menerima pembentukan Malaysia apabila majoriti di daerah yang menghadapi konflik membuat pilihan dalam satu pungutan suara yang dikelolakan oleh PBB. Soekarno pada mulanya mengambil pendirian menyokong penubuhan Malaysia, Menteri luar Indonesia iaitu Dr. Subandrio pernah mengucapkan selamat kepada usaha Persekutuan Tanah Melayu menubuhkan Malaysia. Namun sikap Indonesia telah bertukar dan berusaha menentang keras penubuhan negara Malaysia daripada menjadi sebuah negara yang bebas. Soekarno ternyata mempunyai ego yang kuat sehingga sanggup menghina dan mengutuk Malaysia secara terus menerus dalam Sidang Kemuncak yang diadakan di Manila. Selain daripada kritikan yang keras, beliau juga bertindak memutuskan hubungan politik, ekonomi dan sosial dengan Persekutuan Tanah Melayu.

Soekarno yang berang akibat tindakan itu mengutuk perbuatan Tunku yang memijak-mijak lambang negara Indonesia[1] dan beliau ingin membalas dendam dengan melancarkan gerakan yang terkenal dengan nama Ganyang Malaysia. Namun hal ini dinafikan oleh Tunku, malah beliau sendiri mempersoalkan tindakan segelintir penunjuk perasaan yang memijak-mijak lambang tersebut. Namun sehingga kini tiada bukti yang dapat mengukuhkan perbuatan tersebut, samada perkara tersebut benar-benar dilakukan oleh Tunku atau ada segelintir pihak yang cuba mengapi-apikan keadaan pada masa itu.[2]

Pada hari Ahad 20 Januari 1963 yakni ketika suatu perhimpunan berlangsung, Menteri Luar Indonesia, Dr. Subandrio telah mengumumkan konfrontasi terhadap Malaysia. Akibat daripada itu, Kepala Staff Strategik Angkatan Darat Indonesia, Jeneral Achmad Yani telah menasihati Presiden Sukarno agar tidak terus melancarkan konfrontasi dengan Malaysia. Konfrontasi hanya menyebabkan tentera British dan Australia terlibat langsung berdepan dengan Tentera Nasional Indonesia. Presiden Sukarno menyifatkan nasihat itu hanya membelakangi arahannya. Sebaliknya pengumuman Dr. Subandrio diangkat sebagai dasar subversif baru yang aktif dilaksanakan di Indonesia terhadap semua wilayah Malaysia.[3]